Nous sommes en 2023. La presque totalité de la population, aussi bien mutante qu'humaine a été décimée par d'impitoyables robots nommés les Sentinelles. Au départ prévues pour protéger les humains de la nouvelle race émergente, les Sentinelles ont fini par cibler également les humains souhaitant les protéger ainsi que ceux susceptibles d'engendrer à leur tour des mutants. Cependant, un groupe de mutant rebelle tente difficilement de survivre dans les ruines d'un monde dévasté par la guerre. L'espoir ne réside plus dans l'avenir... mais bien dans le passé. Après avoir vaincue et démontée une Sentinelle ayant absorbée les pouvoirs de Kitty Pryde, la Résistance réussit à fabriquer un portail censé les mener cinquante ans auparavant, avant la mise en circulation des machines.

C'est ensemble que les mutants de la Résistance franchissent le portail, quelques minutes seulement avant son autodestruction. Seulement, les voyages dans le temps ne sont pas faciles, et c'est séparés que les mutants reviennent dans le passé. Éparpillés sur toute la surface du globe à des années différentes, ils se retrouvent seuls pour affronter un monde qu'ils n'ont jamais connu. Un monde où l'existence des mutants est encore secrète, où la population craint davantage une guerre nucléaire qu'une guerre contre des machines ou contre des hommes aux super-pouvoirs.

Les premiers arrivés se cachent, se fondent dans la masse, attendant patiemment leurs camarades car ils savent que c'est ensemble qu'ils ont le plus de chances de réussir. C'est à partir de 1972 que les mutants sortent progressivement de leur cachette et rejoignent un à un l'Institut Xavier, leur seul véritable point de repère. C'est dans un triste état qu'ils retrouvent leur cher professeur. En l'absence de médiateur, le ton monte rapidement entre les mutants et le groupe ne tarde pas à se séparer en deux : le premier pour sortir Erik de sa prison, l'autre pour motiver Charles à rouvrir l'école.

Il leur fallut des mois pour atteindre leur but, mais ils réussirent. Magneto est à présent libre et à la tête d'une nouvelle Confrérie, et l'Institut Xavier a rouvert ses portes pour accueillir de nouveaux mutants. A présent, chacun met tout en œuvre pour empêcher les Sentinelles de voir le jour, mais si les deux groupes ont le même but, leurs méthodes, elles, sont radicalement différentes...

• C'est tout un groupe de mutant qui a voyagé dans le passé et qui tente de modifier le cours de l'histoire.

• Les mutants du futur qui étaient déjà nés en 1973 (tel que Magneto, Wolverine ou le Professeur X) réintègrent leur corps d'avant mais ne récupèrent pas leurs souvenirs comme Wolverine dans le film.

• Le forum commence un peu avant les événements du film, mais Magneto a déjà été libéré, et le Professeur X a rouvert l'école pour les jeunes mutants. Les deux événements se sont passés il y a quelques mois seulement.

• Il vous est possible d'incarner soit un mutant venu du futur, soit un mutant vivant depuis toujours à cette époque.

Au cours de cette intrigue, les mutants ont été éprouvés sur deux fronts. Alors qu'un petit groupe de X-men, de confréristes et d'indépendants se rend en France pour déjouer les plans de Mystique, ceux restés à New York découvrent qu'il est devenu difficile de vivre dans une société où règne en maître Trask et ses sbires. Alors qu'ils s'adonnent à des activités banales, des alertes sont lancées et c'est la Trask Industries qui gère la situation, pour le meilleur, mais surtout pour le pire.

Zoo
Une contagion animale est annoncée et tous les gens présents doivent se soumettre à un test afin de voir s'ils ont été affectés par ce mal mystérieux. Alors qu'un petit groupe de mutants tentent de planifier leur évasion, une jeune mutante, Cordelia, se fait prendre par des gardes de Trask pour avoir manifesté son pouvoir alors qu'elle se croyait seule. Les gardes doivent toutefois faire face à une agitation animale qui les distrait assez longtemps pour que le groupe de mutant soit transporté sur le domaine du professeur Xavier. Les membres du groupe n'ont vu qu'une lumière éblouissante ainsi qu'une noirceur les envelopper et ne savent pas expliquer comment ils en sont arrivés là.

Centre commercial
Une fuite de gaz pousse tout le monde à devoir passer un test pour être sûr qu'ils ne sont pas atteint d'aucune façon par ce fameux gaz inconnu. Pietro Maximoff sème la pagaille alors que son test revient positif et qu'il refuse de suivre les gardes. Il fuit et emporte dans sa course quelques gardes qui font tout pour l'attraper. Quicksilver disparaît dans la foule qui, lors du déclenchement de l'alarme à incendie, se disperse rapidement. Les mutants regagnent leur demeure, secoués par la peur éprouvée face aux gardes armés.

Métro
Une fuite de gaz pousse tout le monde à devoir passer un test pour être sûr qu'ils ne sont pas atteint d'aucune façon par ce fameux gaz inconnu. Un groupe hétéroclite de mutants réussira, au fil des péripéties qui se présentent à eux, à dérober des objets aux gardes. Alors qu'une vieille femme est battue en plein métro pour s'être élevée contre la tyrannie des gardes, une foule se soulève et un branle-bas de combat débute dans le métro qui semble étouffer de plus en plus les gens s'y trouvant. Si les gardes disent ouvertement que la menace est finalement sous contrôle, les mutants qui se retrouvent miraculeusement à l'extérieur n'ont aucun souvenir des événements. Les objets qu'ils ont volés aux gardes ont disparu également. Il ne leur reste qu'un bout de papier où on peut voir le symbole des X-men ainsi qu'un Ryan effondré. Ses pouvoirs s'en retrouvent drôlement affectés.

C'est une drôle d'équipe qui se rend en France pour arrêter Raven. Ils viennent de tous les milieux, mais s'unissent sous une même bannière au final pour mettre un terme à cet épisode qui pourrait bien coûter la vie de tout le monde. Un groupe de mutants se place à l'extérieur des grilles du monument français pour tenter d'arrêter Mystique avant même qu'elle ne franchisse la porte d'entrée, mais leur manque de cohésion fait échouer leur mission. Raven passe donc la sécurité grâce à ses habilités de métamorphe et arrive jusqu'à Trask. Le groupe de mutants à l'intérieur est alors pris au piège par des gardes qui tentent de protéger leur chef contre la mutante qui pointe une arme contre lui. L'arrivée de Charles Xavier vient tout chambouler dans l'esprit de sa sœur qui, à force de persuasion, se laisse convaincre qu'il vaut mieux arrêter tout ceci et trouver un autre plan pour changer le futur.