Nous sommes en 2023. La presque totalité de la population, aussi bien mutante qu'humaine a été décimée par d'impitoyables robots nommés les Sentinelles. Au départ prévues pour protéger les humains de la nouvelle race émergente, les Sentinelles ont fini par cibler également les humains souhaitant les protéger ainsi que ceux susceptibles d'engendrer à leur tour des mutants. Cependant, un groupe de mutant rebelle tente difficilement de survivre dans les ruines d'un monde dévasté par la guerre. L'espoir ne réside plus dans l'avenir... mais bien dans le passé. Après avoir vaincue et démontée une Sentinelle ayant absorbée les pouvoirs de Kitty Pryde, la Résistance réussit à fabriquer un portail censé les mener cinquante ans auparavant, avant la mise en circulation des machines.

C'est ensemble que les mutants de la Résistance franchissent le portail, quelques minutes seulement avant son autodestruction. Seulement, les voyages dans le temps ne sont pas faciles, et c'est séparés que les mutants reviennent dans le passé. Éparpillés sur toute la surface du globe à des années différentes, ils se retrouvent seuls pour affronter un monde qu'ils n'ont jamais connu. Un monde où l'existence des mutants est encore secrète, où la population craint davantage une guerre nucléaire qu'une guerre contre des machines ou contre des hommes aux super-pouvoirs.

Les premiers arrivés se cachent, se fondent dans la masse, attendant patiemment leurs camarades car ils savent que c'est ensemble qu'ils ont le plus de chances de réussir. C'est à partir de 1972 que les mutants sortent progressivement de leur cachette et rejoignent un à un l'Institut Xavier, leur seul véritable point de repère. C'est dans un triste état qu'ils retrouvent leur cher professeur. En l'absence de médiateur, le ton monte rapidement entre les mutants et le groupe ne tarde pas à se séparer en deux : le premier pour sortir Erik de sa prison, l'autre pour motiver Charles à rouvrir l'école.

Il leur fallut des mois pour atteindre leur but, mais ils réussirent. Magneto est à présent libre et à la tête d'une nouvelle Confrérie, et l'Institut Xavier a rouvert ses portes pour accueillir de nouveaux mutants. A présent, chacun met tout en œuvre pour empêcher les Sentinelles de voir le jour, mais si les deux groupes ont le même but, leurs méthodes, elles, sont radicalement différentes...